Se você como eu descobriu no Netbeans for PHP um poderoso aliado no desenvolvimento php/webstandards/javascript, mas teve problemas ao tentar debugar uma aplicação baseada no framework cakephp, eis a solução:
- No painel Projects, clique com direito em cima do nome do seu projeto, e no menu de contexto que aparecerá, clique em Properties

- Na janela Project Properties, note que o campo Web Root está setado como <Source Folder> por padrão, o que é o correto para a maioria dos projetos, mas não para os projetos com cake.

- Clique no botão Browse, e selecione a pasta app/webroot. Para confirmar a seleção, pressione o botão Select Folder

- Pronto! Como resultado, o campo Web Root está setado para app/webroot na janela Project Properties. Para testar, abra uma classe controller qualquer, coloque um breakpoint em alguma função, inicie uma Debug Session (Ctrl+F5), e teste no browser.
NOTA: Este artigo presume que o seu ambiente de desenvolvimento (Netbeans, XDebug, etc…) já esteja configurado. Se precisa dessas orientações iniciais, visite http://www.netbeans.org/kb/trails/php.html e vá na seção Configuring Your Environment for PHP Development.
Grande Abraço!
Cara, valeu pela dica, estava precisando justamente disto e nem tinha parado para pensar nesta configuração do netbeans. Funcionou show de bola aqui!
Valeu amigo, funcionou perfeitamente!
Abraços!